Ban Điều hành Chương trình có nhiệm vụ giúp UBND tỉnh quản lý, điều hành, hướng dẫn các Sở, Ban, ngành, địa phương và các tổ chức chính trị xã hội triển khai thực hiện Chương trình mục tiêu quốc gia Nước sạch và Vệ sinh môi trường nông thôn giai đoạn 2012- 2015 trên địa bàn tỉnh Quảng Nam (sau đây gọi tắt là Chương trình); tổng hợp các nguồn vốn có liên quan đến Chương trình, xây dựng kế hoạch hàng năm thực hiện Chương trình để trình UBND tỉnh phê duyệt; tham mưu phân bổ ngân sách Nhà nước hàng năm cho Chương trình, xây dựng các cơ chế chính sách liên quan đến việc thực hiện Chương trình cho các Sở, Ban, ngành, các địa phương và các tổ chức chính trị xã hội trình UBND tỉnh xem xét, ban hành; theo dõi, đôn đốc, chỉ đạo việc triển khai thực hiện Chương trình và giải quyết các vướng mắc trong quá trình thực hiện tại các địa phương, đơn vị theo kế hoạch được giao; hướng dẫn các Sở, Ban, ngành, địa phương và các tổ chức chính trị xã hội kiểm tra, giám sát thực hiện Chương trình; thành lập Ban Điều hành của cấp mình để thực hiện đạt hiệu quả. Ban Điều hành tổ chức kiểm tra định kỳ, đột xuất, đánh giá rút kinh nghiệm kết quả thực hiện Chương trình; tổ chức sơ kết hàng năm, tổng kết giai đoạn thực hiện Chương trình; thực hiện chế độ báo cáo định kỳ cho cấp thẩm quyền theo quy định.